D’où qu’Omicron vienne, la bonne nouvelle est qu’il est très résistant et qu’il pourrait bien signifier la fin de la pandémie de COVID. Le génome d’Omicron a pris la communauté des scientifiques de la santé publique par surprise. Non seulement il y a un grand nombre de mutations, mais certaines de ces mutations n’ont pas été observées dans les nombreuses analyses génomiques précédentes, dont des milliers sont menées dans des laboratoires du monde entier.

Parmi les scientifiques, il y a cinq explications concurrentes à cette situation.

1. Peut-être que le virus a muté vers Omicron pendant un long moment, mais cela s’est produit « sous le radar » dans une région du monde où il y a peu de laboratoires scientifiques qui auraient pu rapporter son génome dans des états intermédiaires. En d’autres termes, il est apparu quelque part où les tests génomiques n’étaient pas disponibles et où les souches intermédiaires n’étaient pas détectées.
2. Un seul patient immunodéprimé pourrait avoir hébergé le virus pendant une longue période de « longue COVID », au cours de laquelle le virus a muté tout en se répliquant chez cet individu.
3. Le virus aurait pu sauter sur un hôte de souris et se propager de souris en souris, dans un environnement où différentes mutations seraient favorisées. Le virus fortement muté doit alors être revenu à l’homme.
4. Le virus a fui ou a été libéré d’un laboratoire à Durban, en Afrique du Sud, où des expérimentateurs manipulaient génétiquement le virus.
5. Les populations vaccinées ont exercé une pression de sélection intense sur le virus pour échapper au vaccin en faisant muter sa protéine de pointe, qui est la seule partie du virus contre laquelle les personnes vaccinées sont immunisées.

Comme pour tout ce qui concerne la COVID, nous avons assisté à une censure importante autour des origines d’Omicron, à la fois dans la presse grand public et dans les revues médicales. Trois des théories ci-dessus ont été discutées ouvertement. Mais le n° 4 a été relégué à la marge parce que les scientifiques sont toujours timides à l’idée de discuter des armes biologiques fabriquées,et le n° 5 a également été mis à l’écart parce qu’il est politiquement incorrect de dire quelque chose de mal sur les vaccins. L’ironie ici est que l’évolution des populations vaccinées a peut-être conduit à l’émergence d’une version de la COVID avec laquelle tout le monde peut vivre.

Examinons de plus près chaque théorie.

Théorie #1: Omicron se cachait dans l’Afrique la plus sombre Christian Drosten, virologue à l’hôpital universitaire de la Charité à Berlin, a proposé qu’Omicron ait développé sa prodigieuse capacité à se propager rapidement tout en se cachant dans les régions du Botswana et de l’Afrique du Sud-Ouest. « Je suppose que cela n’a pas évolué en Afrique du Sud, où beaucoup de séquençage est en cours, mais ailleurs en Afrique australe pendant la vague hivernale », a déclaré Drosten. Cette région du monde a peu de laboratoires de virologie qui auraient signalé des versions intermédiaires du virus. Au Botswana et en Afrique du Sud, un peu moins de la moitié de la population a été vaccinée, selon Reuters. Cela pourrait expliquer les nombreuses mutations de la protéine de pointe et la capacité d’Omicron à infecter les vaccinés.

Théorie #2: Omicron gestation dans la mijoteuse d’un seul patient atteint de covid long

Selon un article du 1er décembre 2021 dans Science,Omicron ne s’est clairement pas développé à partir de l’une des variantes préoccupantes antérieures, telles que Alpha ou Delta. Au lieu de cela, il semble avoir évolué « en parallèle – et dans l’obscurité ». Emma Hodcroft, virologue à l’Université de Berne, a déclaré à Science: « Omicron est si différent des millions de génomes du SRAS-CoV-2 qui ont été partagés publiquement qu’il est difficile de localiser son plus proche parent. Il a probablement divergé tôt des autres souches. Je dis-le remonte à la mi-2020. » Cela soulève la question de savoir où les prédécesseurs d’Omicron se sont cachés pendant plus d’un an. Andrew Rambaut de l’Université d’Édimbourg a déclaré à Science qu’il ne voyait pas comment le virus avait pu rester caché dans un groupe de personnes pendant si longtemps. « Je ne suis pas sûr qu’il y ait vraiment un endroit dans le monde qui soit suffisamment isolé pour que ce type de virus se transmette pendant cette période sans qu’il n’apparaisse dans divers endroits », a déclaré Rambaut. Rambaut et d’autres proposent que le virus s’est probablement développé chez un patient COVID-19 chroniquement infecté, probablement quelqu’un dont la réponse immunitaire a été altérée par une autre maladie ou un médicament. Selon Science, lorsque Alpha a été découvert pour la première fois à la fin de 2020, cette variante semblait également avoir acquis de nombreuses mutations à la fois, ce qui a conduit les chercheurs à postuler une infection chronique. Cette théorie est renforcée par le séquençage d’échantillons de SRAS-CoV-2 provenant de certains patients chroniquement infectés.

Théorie #3: Omicron a sauté à une souris, puis est revenu à l’homme

Cette étude de l’Académie chinoise des sciences de Pékin cite des preuves génétiques du génome d’Omicron pour soutenir la thèse selon laquelle le virus a sauté sur des souris, puis chez l’homme. La fréquence des différents types de mutations (différentes substitutions d’acides aminés) est différente dans la physiologie de la souris par rapport à la physiologie humaine. Ces auteurs ont déterminé que les types de mutations trouvés dans Omicron sont plus caractéristiques de la souris que de la physiologie humaine.

Une idée créative ! Mais c’est peut-être là sa principale faiblesse, car :

• Il existe un grand nombre de mutations de toutes sortes lorsque le virus se réplique, que ce soit chez une souris ou un humain. Ceux qui collent sont ceux qui sont adaptatifs, c’est-à-dire ceux qui aident le virus à se répliquer ou à se propager plus efficacement à un autre hôte. L’étude chinoise n’aborde pas ce point.
• Un grand nombre d’adaptations seraient nécessaires pour qu’un virus infecte efficacement une population de souris. Ceux-ci devraient être établis pour accomplir le saut dans la population de souris, puis défaits pour que le virus revienne aux humains. Néanmoins, il existe un précédent dans la capacité connue du SRAS-CoV-2 à infecter un troupeau de cerfs de Virginie.
• Ces deux objections pourraient être évitées si le virus était délibérément transmis à travers des souris humanisées dans un laboratoire.

Théorie #4: Omicron s’est échappé d’un laboratoire de gain de fonction

En avril 2021, un laboratoire de Durban, en Afrique du Sud, a publié cet articledécrivant la modification génétique du virus SARS-CoV-2. En novembre 2021, la variante Omicron a été découverte pour la première fois dans la région de Johannesburg / Pretoria, à environ 600 km de Durban.

Les deux événements étaient-ils liés?

La mutation 501Y qui fait l’objet de l’étude de Durban est présente dans la variante Omicron, mais beaucoup d’autres mutations répertoriées dans le manuscrit de Durban sont absentes du génome d’Omicron. De nombreux scientifiques sont convaincus, sur la base de sa signature génétique, que la souche Alpha originale de COVID a été conçue dans un laboratoire d’armes biologiques. Normalement, la protéine de pointe d’un virus est simplement développée pour s’accrocher fermement à une cellule hôte. Mais dans le cas du virus COVID, la protéine spike fait aussi beaucoup de choses désagréables, y compris des caillots sanguins et des dommages aux nerfs et aux artères. La protéine de pointe semble à première vue être conçue pour la toxicité. Le premier article de Nature Medicine qui tentait de mettre fin à la théorie de l’origine en laboratoire affirmait seulement que la protéine de pointe n’était pas entièrement optimisée pour se lier aux cellules humaines, c’était la seule base de la certitude des auteurs que « le SARS-CoV-2 n’est pas une construction de laboratoire ou un virus délibérément manipulé ». Cependant, lorsque les courriels du Dr Anthony Fauci ont été FOIAed, nous avons appris que Fauci lui-même avait commandé cet article,dont les auteurs comprenaient des suspects pour avoir canalisé la recherche sur les armes biologiques en Chine par l’intermédiaire de l’Institut national des allergies et des maladies infectieuses, dont Fauci est le directeur. Il semble donc maintenant que la protéine de pointe ait été conçue comme un compromis entre une infectiosité optimale et une toxicité optimale. Si Omicron a été conçu à des fins peu recommandables, il semble servir davantage d’antidote que d’arme. Omicron semble se propager si rapidement qu’il a rapidement déplacé Delta dans la population d’où il est originaire, mais il cause une maladie remarquablement bénigne et peu ou pas de décès.

Théorie #5: Omicron a évolué pour échapper au vaccin

Les quatre théories ci-dessus ont des adhérents et toutes les quatre peuvent être soutenues par la logique. N’importe lequel d’entre eux peut s’avérer correct. Mais il existe une hypothèse plus simple, la théorie n ° 5, qui n’implique aucune hypothèse supplémentaire, s’appuyant uniquement sur les principes de la sélection naturelle. La principale faiblesse de cette hypothèse est que le nombre de mutations dans Omicron, et le taux d’évolution de ces mutations, semblent être anormalement élevés – mais peut-être que ce fait est ignoré à cause des tabous de publication. Les virus finissent par évoluer vers des taux de transmission plus élevés et des taux de mortalité plus faibles. Le taux de transmission plus élevé est ce qui permet au virus de surpasser les autres variantes et de se propager dans la population. Le taux de mortalité plus faible est moins évident – les virus peuvent se propager mieux si l’hôte se sent bien et circule dans la population. Si l’hôte meurt, le virus meurt avec lui. La variante Omicron semble faire un pas inhabituellement grand dans les deux sens. C’est pourquoi la plupart des épidémiologistes cherchent une explication spécialisée de son origine. Une explication plus banale indique la possibilité que les populations vaccinées fassent pression sur le virus pour qu’il s’adapte. Les communautés avec des taux de vaccination élevés ont créé un environnement idéal pour que le coronavirus mute. Toutes les parties du virus mutent tout le temps, mais toutes n’aident pas le virus à réussir. Si la protéine de pointe mute, cela peut détourner le système immunitaire vacciné de l’odeur parce que la vaccination produit une réponse immunitaire très ciblée à la protéine de pointe (originale de Wuhan). Le Dr Geert vanden Bossche a prédit que cela se produirait tôt dans la distribution des vaccins contre la COVID. La variante Omicron démontre que vanden Bossche a parfaitement compris. Il comprend 37 nouvelles mutations dans le domaine de la protéine de pointe, et Omicron a largement échappé aux vaccins. Les personnes vaccinées sont aussi susceptibles ou plus susceptibles de contracter Omicron que les personnes non vaccinées. Vanden Bossche a anticipé des conséquences tragiques pour toute l’humanité, mais cela ne semble pas être ce qui se passe. Au contraire, ce nuage semble avoir une lueur d’espoir. Comme indiqué ci-dessus, la protéine de pointe est la charge utile toxique du virus COVID, responsable de la plupart des dommages que le virus cause aux vaisseaux sanguins et aux neurones. (Il semble que la protéine de pointe ait été conçue à cette fin dans une expérience de gain de fonction.) Au fur et à mesure que la protéine de pointe a muté, elle est devenue moins toxique. En conséquence, la variante Omicron est beaucoup plus douce que le COVID original de Wuhan. Le taux de mortalité d’Omicron, selon les chiffres britanniques, n’est que de 1/10 aussi élevé que le taux de Wuhan. (Le Royaume-Uni a enregistré 10 866 cas d’Omicron et 14 décès pour un taux de mortalité de 0,0013. À titre de comparaison, le total sur deux ans des décès et des cas de COVID au Royaume-Uni était de 148 000 / 11 800 000 = 0,013, presque exactement 10 fois plus élevé.)

Des inconnues et ce qui nous attend ?

Nous savons historiquement que l’immunité naturelle d’un patient guéri fournit la meilleure immunité que nous connaissions. Les personnes (principalement chinoises) qui se sont rétablies du SRAS il y a 18 ans semblent avoir une immunité totale contre la COVID, bien que les deux virus soient substantiellement différents. Cela devrait signifier qu’Omicron balayera la population et que beaucoup, beaucoup de gens se rétabliront après une maladie bénigne et abrégée, avec une immunité permanente contre toutes les formes de COVID. Ce serait l’aube de l’immunité collective et la fin de la COVID. La question est de savoir si la récupération d’Omicron fournira une immunité complète aux futures variantes. Nous voyons que la récupération des variantes passées ne fournit pas une immunité suffisante pour protéger contre Omicron. Est-ce parce qu’Omicron est une exception à la règle générale sur l’immunité robuste chez les patients guéris ? Ou s’agit-il d’un artefact de tests défectueux, de personnes à qui on a dit qu’elles s’étaient rétablies de la COVID alors qu’elles avaient vraiment la grippe ? Ou s’agit-il d’un artefact de la vaccination après le rétablissement, qui semble être contre-productif, réduisant une partie de l’immunité robuste et acquise de la nature ? Pendant ce temps, les communiqués de presse des Centers for Disease Control and Prevention et les rapports grand public utilisent Omicron comme un stimulant pour l’industrie du de peur, citant des statistiques de « cas » qui explosent tout en ignorant la baisse simultanée des statistiques de « décès ». Pfizer développe un nouveau vaccin à ARNm pour Omicron, qu’il prévoit de lancer en mars. Le fabricant du vaccin va-t-il redoubler d’efforts sur sa tragique erreur en basant le vaccin sur la protéine de pointe toxique ? Ou le nouveau vaccin sera-t-il dérivé d’une partie moins dangereuse du virus ? Nous avons des raisons d’espérer qu’Omicron marquera la fin de la COVID, mais seul le temps nous le dira.

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